在玩家到了天闕王城會學會煉妖的相關使用方式，這也是軒轅劍系列遊戲的另外一個重點，使用煉魂法可捕捉地圖怪物的魂魄，在怪物血量偏低時成功捕捉到元神的機率會提高許多。捕捉失敗的話則只會取得散魂，散魂則只能使用召喚出來作戰十分鐘，而成功則會得到元神，元神可以用煉化或是登入在戰器的魔物誌裡面，玩家可以招喚出來幫忙作戰，但不會成長。

元神登入魔物誌後可以進行召喚

　　在煉化的部份，玩家必需先前往右方城門前的煉妖壺，找守護者尉天行就可以開啟煉妖的界面。煉妖時必需放二種怪物的元神，並且放入魂棺便可以進行合成，魂棺上方則會出現預計會合出的元神，玩家可以先參考再考慮合成，而魂棺可以向百寶商人購買，合成時也會有失敗的可能，可是只會損失魂棺。除了魔物誌和散魂可以召喚魔物幫忙作戰之外，玩家還可以取得可以養的神衛，其類似於寵物靈獸，有不少輔助玩家和幫助作戰的技能，適時使用戰令提振神衛士氣，還可以強化神衛與生俱來的御主天賦效果，另外可以向神衛大師姜恆購買神衛所需的相關物品。

取得的元神可以進行融合！

　　除了神衛和召喚可以幫助玩家作戰之外，能讓作戰更有效益的便是裝備的取得和強化，而遊戲中還特別提供了將兩件裝備融合的功能。當玩家具有兩件相同部份，且同樣等級的裝備就可以進行使用冶賢爐，可以把 A 裝備的強化和屬性移轉在B裝備上，特別是在玩家打到同等級的紫裝時，不用再花費強化費用，便可以拿以前強化過裝備進行冶賢。可以移轉鑲嵌、開光、硬質（製作時可能會出現更好的）等屬性，而冶賢爐則可以打各小王取得。